L'Ile de France en premier

Dès le 1er juin 1997, soit un an après sa création, Thalys créé une relation directe Berchem - Chessy Marne la Vallée, qui dessert au passage Bruxelles-Midi. Ce train plus particulièrement destiné à la clientèle du parc Disney est néanmoins remplacé dès le 24 mai 1998 par le prolongement a Chessy d’une relation commerciale Amsterdam – Paris (avec rebroussement donc) le vendredi dans le sens descendant, le dimanche en direction des Pays Bas, auquel s’ajoute le nouveau train 9304-9377 Bruxelles-Midi - Chessy Marne la Vallée, circulant tous les jours durant les vacances et les week-end et jours fériés en dehors de ces périodes.

Septembre 1999, le THA 9484 AMS (07.54) - MVC (12.14) circulant déjà le vendredi circuleà partir de Bruxelles-Midi avec le THA 9384 Bruxelles-Midi - MVC. Le THA 9389 des dimanches circulera toujours de façon isolée de MVC (17.53) - à AMS (22.08) sans arrêt à Roissy-TGV.

Désireuse de diversifier son offre entre la Belgique et l'Ile de France, Thalys met en place une nouvelle desserte spécifique entre Bruxelles et Marne la Vallée avec desserte systematique de Roissy, au 28/11/1999. 4 AR sont créés, l’Amsterdam – Marne la Vallée du vendredi est désormais accorché à un Thalys de la nouvelle offre au départ de Bruxelles. Au retour, il continue a circuler isolement, sans desservir Roissy. Le 25 mars 2001, l'offre est encore renforcée par la création d'une cinquième liaison quotidienne Bruxelles-Midi (12h54) - Marne-la-Vallée-Chessy (14h27), complétée en septembre 2001, par la création du THA 9927 Marne la Vallée Chessy (12:29) - Bruxelles-Midi (13:59) du lundi au vendredi et du THA 9923 MVC (12:20) - BRU (13:50) les samedis, dimanches et fêtes.

L'appel des Alpes

Outre l'Ile de France, Thalys s'est interessé à une desserte vers les Alpes : L'opérateur créé à l'hiver 1998/1999 une relation directe Oostende/Rotterdam - Bruxelles-Midi - Bourg St Maurice. La liaison est adaptée dès l'hiver suivant, avec suppression de la tranche Oostende et amorce de la tranche Rotterdam à Amsterdam avec desserte de Schiphol et Den Haag, mais sans desservir Berchem-Antwerpen. Ce service modifié, baptisé "Ski Thalys" circule tous les samedis du 23 décembre 2000 au 3 mars 2001. Le dernier retour France - Pays Bas circule le 10 mars 2001. Les jours de grands départs, un Thalys supplémentaires circulera entre Bruxelles-Midi et Moutiers-Salins-Brides-les-Bains. En sus, certains samedi neige Thalys offre désormais un aller-retour Thalys supplémentaire Bruxelles-Midi - Genève : 9374 Bruxelles-Midi (10:07) - Genève (14:54) avec desserte de Bellegarde (14:23) et 9377 Genève (16:07) - Bruxelles-Midi (21:14) avec un départ de Bellegarde à 16:3

Zon Thalys

Avec l'ouverture de la LGV Méditerranée en France, le Thalys Amsterdam - Bruxelles - Marseille est déviée par la nouvelle ligne. Il dessert désormais Valence-TGV et Avignon-TGV. Les temps de parcours deviennent encore plus compétitif Bruxelles-Midi- Marseille St. Charles: 4h30 Bruxelles-Midi - Valence TGV: 3h26. Face au succès du train, la période de circulation du train est étendue à l'été 2002 : il circule entre AMS et MSC les SA du 15/6 au 24/8 et entre BRU et MSC les SA du 31/8 au 28/9/2002.
A l'été 2003 est mis en route un Thalys Bruxelles-Midi - Bordeaux circulant les samedis du mois de juillet uniquement, un peu à l'image du Thalys soleil vers Marseille. Il n'est pas reconduit l'été suivant.